進入調諧界面（ MS Tuning）,從調諧程序（Tuning Procedures）欄下拉選擇MS掃描調諧（MS Scan Tuning）

進入調諧界面（ MS Tuning）,選擇調諧并校正MS掃描（Tuning and calibration MS ）后，選擇需要調諧的項目，本文以Q1 正離子10Da/S掃描速率為例選擇如下:    

針泵裝填正離子調諧液后，點擊針泵控制按鈕打開控制窗口，設置流速為5ul/min, 并點擊Start運行針泵，然后點擊右下角Next進入下一步獲取穩定的噴霧（Achieve Stable Spray）

當能夠觀察到左側穩定總離子流圖和右側906質譜圖后，先點擊Stop，然后點擊右下角Next進入下一步優化離子源Gas1（ Optimize Source Gas1）

軟件自動優化Gas1， 優化完成后自動進入10Da/sec的初始Q1校準（Initial calibration at 10 Da/sec）

軟件自動完成10Da/sec的初始Q1校準后自動進入調諧Q1正10Da/sec（Tuning  Q1 positive  10 Da/sec）

進入調諧Q1正10Da/sec步驟后， 軟件開始自動優化各離子的半峰寬，如需手動優化，點擊自動校正停止（Auto Calibrate stop）,點亮校正按鈕進入手動校正模式，優化偏移（offset）調整半峰寬，建議在優化前拍照記錄offset初始值

按向上或向下的箭頭調整offset值優化各個離子的半峰寬達到指標要求0.64-0.74。如下圖中500.380離子的初始半峰寬為0.85大于指標zui大值0.74，可以通過連續按向上的箭頭3-5次后，觀察采集質譜圖離子的新半峰寬，確定是否繼續以上操作，直至500.380的實際（Actual）半峰寬落在0.64-0.74之間。

將各個離子的半峰寬均調整至0.64-0.76后， 按右上角的確認（Comfirm）鍵后，軟件進入確認Q1正10Da/sec（Comfirm Q1 Positive10 Da/sec）步驟，確認并完成調諧

保存調諧參數

點擊Save report as保存Q1 正離子10Da/S調諧報告后，關閉調諧界面